SG1はある惑星ジュナに到着し、多くの足跡を発見する。そこには、ジャファのものと思われるものも見受けられた。緊張が続く中行軍していると、突然後ろからオニールがザットガンで撃たれてしまう。散開し、戦闘体制に入るが、降伏せよと、武装された兵隊さらに、ジャファが現れる。しかしそのうちのダリアンは、SG1を知っており、よく戻れたものだと罵る。

SG１の、ダニエル、カーター、ティルクは捕獲されヘルアーへの従者への反乱をたきつけたとし、さらに、ゲイトを埋めれば神は現れないといったが、クロノスの母船が現れ支配下にされたのであった。関係ないと言うが、カーターに憎み、全てのメンバーを名指しする。そしてオニールが倒れているはずの場所には彼は居なかった。すぐに捜させ、他のメンバーは連行される。
母船では、クロノスの従者シンダーがいた。そして彼はティルクを捕獲したことを喜ぶ。そしてリーダーのオニールを探し出すように指示する。

夜になり、先ほどのダリアンが、リナという妻の元に帰り、様子がおかしいとするが、なんとそこにオニールが隠れていた。一方捕まったSG1のメンバーはゴアウルドの支配下の惑星で、さらに一度訪れている場所に再び来たことに危険を感じる。８時間以内に脱出しないと・・・・（これは後でわかる）

一方オニールは、事情を説明していた、なんと同じ人物（オニール）が二人居ることを話していた。ここに来る前の話を教えて欲しいと伝える。チャパーイからきてお前達の信じている神はインチキだとして反乱軍を組織して、ジャファたちを倒したが、これで支配されることはないと言ったが、程なくクロノスが来てしまって、支配されてしまった。オニールは再び彼もまたインチキだというが、それは信じない。大勢の仲間が殺された事に対し怒鳴る。
目を閉じるようにいうオニールは、しばらくしてその場を去っていた。そして、転送リングでクロノスがやってくる。タウリ（地球）から進入者がやってきたことを報告していた。そしてティルクを捕まえた事を伝え、オニールを探していることを話す。
一方、オニールはジュナの戦士の一人の服を盗み、クロノスの母艦に侵入した。クロノスは、SG1のメンバーをひざまずかせ、ここでは、ゴアウルドと、アスガードの不可侵条約は通用しない惑星であると言い、慈悲も無いことを話す。
じっくりいたぶって殺すとティルクに告げ、ダニエル達に、罪を償わせると。
ジュノのリーダーであるダリアンにダニエルを殺させるように、エネルギーガンを渡す。殺す命令が下されるが、ダニエルは、オニールに気づく。目をつぶって、ダニエルは、その攻撃を受ける。なんと、ダニエルは首から頭が落ちるが、血が出ていない。その首は、ロボットであった。唖然とするクロノスである。

その頃地球では、IDコードを受信するが、SGシリーズのものではない。なんとそれは挨拶であった。さらにその挨拶は、PX3-989のエイリアンハーランであると考えられる。（シーズン１ブリキ男参照）アイリスを開けないで欲しいというオニールであるが、脅威で無いとする。ハモンドは、アイリスを開ける。
そこに、ハーランがやってきた。「コムトラーヤ！（この挨拶が懐かしい）」とハモンドに挨拶をし、何があったのかカーターは尋ねる。ハーランは助けて欲しいという。それは、例のコピーロボットである。

クロノスの母艦では、何者なのかとクロノスが怒っていた。しかし彼らは答えない。再び牢に連れて行かれることとなった。

地球でハーランは事情を説明する。ロボットたちは、ハーランが危険だとして、ゲイトを抜けないように引き止めたが、彼らは、じっと出来ずに、出て行ってしまったという。カーター"R"(これから紛らわしいので""付け）は、携帯エネルギーを発明したという。助けとは、SG1の４人が戻ってこないことを話す。ゲイトを使って、任務に出てしまったという。わからないが、知っているのは君達ではと話す。彼らは、スターゲイトを埋めておくようにオニールが指示したが、オニールたちと同じ性格の彼らは命令に逆らってしまったと考えられる。２４時間で今まで帰ってきていたために、余分を考えて、４８時間としていたが、もう既に１６時間オーバー帰ってこないとパワーパッグが切れると考えられ、残された時間は８時間（さっきの時間）
ダリアンは衝撃（ダニエル射殺）を感じていた。神の武器で捕虜の一人を殺したことが悪夢となってしまった。本当のショックは、ダニエルが人間じゃないとして、ダリアンたち以上にショックを得ていたことであるそして妻のリナは、本当の神だったら、何故驚くのかといい疑問を投げかける。

オニールはロボット達を助ける義務が無いと言うが、ハーランは、それは違う、彼らは君らだと話す。ダニエルならば助けてくれるはずというが、その肝心のダニエルは、他の任務で出て行ってしまっていた（笑）結局、ハモンドは、危険な星に、わが隊を向かわせる事は出来ないとつげるが、ゴアウルドに基地の状態がばれるとまずいというがカーターはその意見に反対する、彼らが同じ性格であるならば、私達と同じように何も話さないだろうと・・・そしてIDコードは、古すぎてもう使えないから、安全だと保証する。ハーランは、誰にもかばってもらえずに、悲しみにくれ、去ろうとするが、結局、SGCは彼に味方し、向かったとされるコードを入力すると、その星は確かにジュナ（P3X-729)でオニールたちが、ヘルアーの兵と戦って、ジュナ人を解放しゲイトを埋めるように指示した惑星であった。(でもここのアドレスってP2X-729って書かれていますけど？）

ダイアルを勧めるハーラン。早速ゲイトに繋げてみる。繋がった！地球では、ゲイトが埋められていないことに気づく。他のゴアウルドが侵略し、ナクアダも無い惑星になんの価値があるとカーターは問うが、他の目的たとえば、軍事基地としてでは無いかとティルクは推測する。早速無人探査機を送り込む。
その頃、オニール"R"はゲイト近くにいたジャファと交戦していた。そこに、探査機の映像が地球に映し出される。それは、ジャファと戦う姿のオニール"R"で、
オニールは驚く。そしてハモンドは居るメンバーを紹介するが、ハーランが居ることにオニール"R"が怒る。地球には近づかないといったが、オニールが、ゲイトを埋めるように行ったと反論する。同じ性格だから、しょうがない・・・
ゲイトの前にダリアンがやってきた。ダリアンもオニール"R"を信じ、力になりたいとして、オニール"R"の元に来たのだ。ダニエル"R"の事は残念だと言う。
状況は聞くと、ダニエル"R"が死んだことを告げ、惑星の軌道上にはクロノスがおり母艦に居ることを話す、ダリアンは、助けて欲しいとSGCに依頼する。
すぐに出SG1に出発を命じるハモンド。ハーランはお留守番・・・