前回、破壊されたはずのレプリケーターの破片の一匹は、ロシアの、潜水艦の中に、入り込んでしまう。ただちに、発射台に向かった、ロシア兵は、開けてしまう。すると、レプリケーターはなんと乗組員全員を殺害して、占拠してしまう。

その頃、SG基地は第二のスターゲイトを持ってきて、技術的なトラブルがあったがようやく、動かすことが出来るようになり、ダニエルも盲腸が治りかけていた。そこに、SG1のシグナルが受信される。ようやくカーターティルクオニールの３名は地球に帰って来た。１週間もダイヤルしていたそうだが、地球のゲイトが直ってなかったためだ。トールは、ポッドで元の惑星に帰ったのだ。

カーターは、レプリケーターの破片を調べていた。エネルギーの放出は、無いために、大丈夫と言うのだ。オニールたちは再び休暇を与えられて釣りに行こうと、部屋を出る。しかし、カーターに電話が入る。将軍からの命令が再び入る（笑）ペンタゴンからデイビス少佐もやってきて、ロシアの潜水艦から、巨大な機械蜘蛛に襲われたということが入る。乗り込むと、クルーが死んでおり、その残された写真を見ると、レプリケーターであることは間違いなく、さらに、増殖している。しかしペンタゴンは、回収するというが、オニール達は破壊しろという。
ロシアも実は、アスガード船を、目撃していた。そして、爆破してしまうとロシアから疑われてしまうと言う。そしてスターゲイトが再び動き出す。なんとトールがやってきた。仕える船が無いために、ゲイトを使いこちらに来たと言う、そして地球の能力を買い、一緒に誰かに来てもらい助けて欲しいと言う。射出型兵器はレプリケーターには通じたと言うことで、アスガードも協力を求めたのだ。
そしてカーターがアスガード星に向かうことになる。

オニールと、ティルクは、別の兵士と共に、潜水艦に入り込む計画を立てる。
指示係は、ダニエルおよびデイビス少佐である。アスガード星に到着したカーターは、大型の船を目にする。それは「オニール号」と名づけられた。最新の技術を使われて作ったものであるが、未完成であると言う。５隻のアスガード船が、侵略された３隻のレプリケーターの船に戦うために向かおうとしている。その助言をカーターに頼むのである。

潜水艦に進入した　ティルク達は、大型のレプリケーターを目撃する。それは次々と、大きくなっていく。さらに増殖をしていた。それは女王蜂のようなものかもしれないとダニエルは判断していた。しかし兵が発砲してしまう。スティーブンスは
レプリケーターに襲われてしまい、死んでしまった。ティルクも、なんとか逃げ出せたが、かなりの数が増えていることには間違いない。

カーターはトールに、レプリケーターの構造について説明を受けていた。キロンというエネルギー粒子など地球とはまったくレベルで、カーターの頭脳でさえも、考えてしまうほど難しいものである。

カーターは既にある作戦を考えていた。それは、ハイパースピードに、オニール号を移動させた際に、レプリケーターもそれを追うでしょうから、そのときに全てを爆破するという自滅策を提案する。しかしあまりに想像も付かない作戦で、オニール号を爆破させると言う、プライドも許されなかったのであるが、トールは次々と、分岐策を考えた。しかし、この方法しか残されていないと感じ、リスクを承知の上でカーターの作戦に同意する。そしてオニール号を、ハイパースピードに、誘い出す。まんまと付いてきたレプリケーターの船は、一緒に爆破されたオニール号と共に、消えてしまった。

次々と破壊するが、増殖してくる、レプリケーター。そしてダニエルは、魚雷を発射する。命中まで８秒。ついにオニールたちの乗る潜水艦に直撃する。しかし、オニールと、ティルクは、転送装置によって、トールの船に写った。そしてダニエルは、言葉を忘れるほど動揺してしまった。

そしてオニール号のことをカーターに聞かされるが、自爆したことを聞くと、オニールは、驚く。そして、トールは、今回の作戦は成功したが、次が成功するとは思えない。しかし希望が生まれたと言い、オニールは釣りに誘おうとしたが、地球に転送されてしまった（笑）