シーズン１の後半の続編といってもいい、ダニエルは、P3R233で次元鏡を見つけ、間違ってその鏡を触った途端に別の次元に行ってしまったもの。そこはＳＧ基地がゴアウルドに襲われており、ティルクがその侵略のリーダーであったことを・・・（シーズン１　１９話）

その鏡は、エリア５１に保管されていたが、そこの鏡が動き出す。なんとそこに逃げる人影が、なんとそれはサマンサとコワルスキーである。（わかりにくいのでサマンサＡとつけます）

将軍に呼び出されたオニールは、コワルスキーに会って驚く、さらに、長髪のカーターＡを見て髪が伸びたものと勘違いしている。そしてカーターＡもオニールをジャックと呼び、驚く。なんと彼は、後に、オニールＡがＳＧ基地を守るために、死んでしまったことを知る。ＳＧチームはＳＧＡと付けられていた。

彼らはゴアウルドが地球侵略して、殆どの地球人が奴隷にされて、あの世界では、もう生きていられないと感じ、こちらの惑星に逃げ込んだんである。滞在の許可がおり、オニールはカーターＡに伝えに行く、しかしカーターＡは、ベッドで泣いていた。オニールが生きていることがうれしいのである。そこにオニールがやってきたために、思わず話し込んでしまい、抱きしめてしまう。そして部屋を後にした、オニールは、カーターに会う。思わず躊躇してしまうオニールであったがコワルスキーに許可の話をしてきて欲しいという。

しかし、カーターＡに症状が出てしまう。なんとそれはパラレルワールドと現実に同じ人がいてはいけないのである、それは時空のズレによって、分裂症状が発生している。それは４８時間で出てくるというものである。そのため、カーターＡを元の次元に戻す必要があると考えたＳＧ基地は、作戦を考える。ほぼ侵略されたＳＧ基地に戻るには相当な作戦分析が必要である。ティルクをジャファのものを着せ油断させる作戦にでる。そして、パラレルワールドのアスガードに8つ目のエンコードを使いゲイトを超えて会いに行くという。しかしゲイトに近づくのは容易でないことは確かである。 カーターは、あちらにはいけないために、コワルスキー・オニール・ティルク・ダニエル・カーターＡでパラレルワールドに向かう。そして、コワルスキーが渡した装置は、パラレルワールドを変える装置であり、そのダイヤルを回すと、次元が変わるその場所に帰るには再計算する必要があるために、電源は切らないように伝える。
向かった彼らの前に、ティルクＡがゴアウルドを率いゲイトの前に立っていた。
そこにはなんとアポフィスが現れる。アポフィスは、別の部屋に向かう。隠れる彼らであったが、直感的にティルクＡがやってきた。そしてダニエルの機械が動いてしまったために電源を切ってしまう。そして、鏡のある部屋に隠れていたが、ティルクＡがやってくる。そこにティルクが立ち。アポフィスに忠誠をしないことを誓えば助けるといったが撃って来たので、ティルクは躊躇無くエネルギーガンを撃つ。ティルクは、自分の世界を守るためだけであるといい、本当はここでは気絶させるだけの予定だった。時空間のずれを戻すために鏡の前でダイヤルを合わせるダニエル。そしてゲイトを開くために、ゲイトの前に向かうオニールたち。その頃、ハモンド大佐（と思う）はアポフィスに拷問を受け、指導者がどこに言ったかを聞かれていた。其処にカーターＡを連れたティルクがやってきて、リーダーの行き先を行くために、任される。