惑星アビドスのミッションから1年経ち、スターゲイトも国家の監視の中、厳重な警備を取っていたはずであった。しかし動きもしなかったゲイトが突然動きだす。それを見ていた兵士たちであったが、女性兵士が蛇の蛇の鎧に覆われた謎の兵士たちに拉致されてしまう。そして、そのときの戦闘によって死体となった、謎の敵の死体は人間と変わらないものであったが地球人のものでないものと気づく。SGCの司令官であるハモンド将軍は、惑星アビドスで指揮を取っていたオニール元大佐を呼び出すのであった。オニールの報告書によると死亡とされていたダニエルジャクソン博士が生きており、惑星アビドスも破壊されていなかったという事実をしり、ハモンドは、オニールに復職を命じ、ダニエルを連れ帰ると共に、エイリアンの実態を調べるように命令する
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突然のことに驚きを隠せないオニールであったが、元の同僚と共に、任務を果たせることに喜びも味わう。そして、会議の中でサムと呼ばれる士官を入れるように言われるが、なんと現れた人物は、女性空軍士官のサマンサであった。彼女は、理論天体物理学者で、スターゲイトの謎を究明するために、必死に、2年以上も研究していたのであったが、オニールたちが向かってしまったために、残念に思っていたのであった。そしてオニールの報告書を４００回以上も見ており、今回の任務も自ら志願したのであった。

そしてスターゲイトでアビドスに向かった、一行は、ダニエルと再会し、彼は、妻のシャーレとオビドスの人々と平和に暮らしていた。そして、スペースキャンプを拠点にある場所に向かった彼らであった。そこには驚く発見があったのである。そこはピラミッドであり、７つのシェブロンを組み合わせることにより、その座標を調整し、全宇宙にあるゲイトを自由自在に行き来する事が出来るというものであった。彼は、その空間で地図を作っていたのであった。

しかし、スペースキャンプには、謎の集団がまたもや現れ、シャーレとスカーラを誘拐して行ってしまう。そして交戦したオニールの部下にも負傷者が出たために、ダニエルは、地球に戻るから、ここのゲートは１年間封印するように命じる。そして、１年後には、ここに戻ってくることを誓い、地球に向かうのであった。

そして地球に戻った彼らにハモンド将軍派スターゲイトのプロジェクトを計画することを告げる。９つのブロックに分け、オニール率いるチームはSG-1。そのメンバーにカーター大尉、ダニエル博士を加え、コワルスキーもSG-2の指揮官として任命される。重症であったフレッティが意識を回復し、一団が向かった先のシェブロンを聞くことに成功する。しかし、ハモンドは今回の件で、地球側にもある手段によって防衛策を考えていた。それはゲイトに閉鎖する機械をつけ暗号解読をし通信機械が２４時間以内に戻らないと、暗号が変わってしまい、一生帰って来れなくなるものである。